L'area E si trova sul pendio occidentale dell'acropoli. Nell'area E1, a nord, è stata realizzata una slope trench (1988-1992) che ha portato alla luce 26 livelli. Qui un robusto muro (M.1155), conservato fino a 4 m di altezza, è stato esposto per una lunghezza di 25 m. Questo muro cingeva il villaggio di Afis durante il Tardo Calcolitico (4000-3300 a.C.). Sigilli a stampo e cilindrici documentano l'emergere di attività amministrative. Si è rinvenuto anche un successivo, possente muro esterno (M.1115) databile all'epoca del Bronzo Medio. Esso consisteva in una fondazione in grandi blocchi con un riempimento di piccole pietre, ciottoli e cocci, sulla quale si elevava una solida sovrastruttura in mattoni crudi, cui si aggiungeva sull'esterno un secondo muro, più basso. Modifiche successive trasformarono ampiamente questo muro: in una fase antica esso era largo 1.60 m e aveva un piccolo ingresso dotato di una soglia realizzata con lastre ben lavorate. Successivamente la larghezza del muro fu estesa a 3.50/4.00 m tramite l'aggiunta di un secondo muro di sostegno. L'ingresso più antico fu murato e sostituito da un ingresso a gomito. Si è individuato anche un denso agglomerato domestico del Ferro I, con un'ampia corte scoperta circondata da strutture abitative e da un edificio rettangolare che potrebbe avere avuto funzioni cerimoniali o cultuali. Nell'area E2è stata indagata un'unità domestica del Bronzo Antico. Le case erano dotate di installazioni per la lavorazione della selce e della ceramica. Un laboratorio ceramico databile alla fase di passaggio tra Bronzo Antico e Bronzo Medio è stata esplorata nell'area E3. Vi era un ampia fornace verticale, una seconda fornace, più piccola, rivestita di argilla rossa e ciottoli, e altre due fornaci connesse a queste. Esse erano in rapporto, a est e a nord, con dei vani forniti di installazioni, forni, fosse, focolari e piattaforme. Questa unità era ancora in uso nel periodo successivo, il Bronzo Medio I (2000-1850), quando vani con installazioni domestiche erano separati da una strada acciottolata. L'area E4 fornisce una sequenza coerente per il Bronzo Tardo II e offre un complesso di contesti primari con materiali ben contestualizzati. Della fase più antica (fase VII della sequenza interna dell'area) sono stati messi in luce sei vani appartenenti a una notevole residenza. I vani più occidentali erano probabilmente dei bagni, con pavimenti costituiti da uno spesso intonaco biancastro steso su una preparazione in pietra; il vano più a nord era una cucina dotata di "tannur", un forno per il pane. Dalla residenza proviene anche un piccolo archivio di testi ittiti e hurriti, datati alla metà del XIII secolo; sigilli e oggetti di bronzo testimoniano le crescenti relazioni internazionali sotto i dominio ittita nella regione. Nella fase successiva (fase VI) l'area era scoperta, con una piccola unità fornita di forno e numerosi focolari destinati a un'attività industriale. Nella fase Vc-b l'intera area fu riedificata, con tre ampie residenze (A, B, E) separate da una strada acciottolata. A sud della strada si trovava l'Edificio a Pilastri (B), a nord la Residenza(A), un edificio di 300 metri quadri; il terzo edificio (E) era adiacente a nord alla Residenza. L'Edificio a Pilastri comprendeva un vano di 9x7 m diviso in due settori da una fila di 6 pilastri di pietra, con due vani minori sul lato meridionale. Il settore occidentale, accuratamente intonacato, conteneva un tannur e delle giare da conservazione. A nord della strada, la Residenza (A) era un edificio di 300 quadrati. L'ingresso principale, che si apriva a sud sulla strada, era decorato sul lato occidentale da nua bassa colonna di pietra e aveva la soglia e gli stipiti di pietra. Dal lungo vano frontale si accedeva, con asse a gomito, attraverso una porta fiancheggiata da monoliti di calcare alti 2 m, a una corte protetta sul lato occidentale da un ampio portico, di cui era ancora in posto la soglia in legno e ciottoli. Una scalinata conduceva a un piano superiore o una terrazza, mentre un'altra porta si apriva su un cortile interno.
Uno spesso livello di distruzione copriva i piani con travi bruciate e i resti collassati del tetto di canne che avevano sostenuto. Dell'edificio adiacente alla Residenza a nord (Edificio E) sono stati messi in luce solo tre piccoli magazzini: quello orientale, con pavimento intonacato, era occupato da giare da conservazione. Le rovine degli edifici del Bronzo Tardo II furono riutilizzate nella fase più antica del Ferro I (fase Va, ca. 1280-1130 a.C), mentre una nuova unità domestica, ben pianificata e costeggiata da strade acciottolate, fu costruita nel Ferro IB (fasi IVc-a, 1130-1050 a.C.). Le case consistevano in file di piccole stanze aperte su cortili interni, realizzate con muri ben costruiti su fondamenta in pietra e con stipiti e soglie di pietra.
